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一站式分析藻类基因组的商店

对藻类的基因组感兴趣吗?现在您可以在一个地方浏览这些光合生物的遗传蓝图。PhycoCosm是同类中最大的数据存储库之一,其交互式浏览器使藻类科学家和爱好者可以深入研究100多个藻类基因组,进行比较,并可视化支持的实验数据。

藻类是重要的生物。它们在全球碳循环中发挥关键作用,是天然产物的来源,并具有作为生物燃料原料的潜力。了解造成这些性状的遗传基础使我们更接近利用藻类获得生物能源和更大的生物经济性。通过将藻类的公开可用基因组数据集中到一处,PhycoCosm可使用户轻松地汇编数据,以回答哪些基因存在于哪些生物中,何时表达以及它们做什么。

PhycoCosm这个名字源于希腊phykos,意思是海藻。海藻是藻类,但存在多种藻类。在进化过程中,藻类生物几乎在真核生物的所有分支(带有核的生物)中大量繁殖。部分由于这种进化多样性,藻类基因组可能非常复杂,难以测序和理解。

由藻类基因组计划负责人Igor Grigoriev和数据科学家Alan Kuo领导的一组研究人员,位于美国能源部(DOE)联合基因组研究所(JGI),DOE科学用户设施办公室位于劳伦斯伯克利国家实验室(伯克利实验室)已在《核酸研究》杂志上公开了PhycoCosm 。该基因组的门户网站加强了JGI的新的战略重点开拓藻类生物,多样性和生态。

PhycoCosm具有许多成分,可用于科学探索:它显示了完整的系统进化树,其中包含100多个藻类基因组(许多由JGI测序),因此研究人员可以轻松探索不同藻类之间的进化和功能关系。科学家可以使用PhycoCosm的基因组浏览器查看他们最喜欢的藻类的预测基因及其组织,并分析细胞核和细胞器(例如叶绿体)中的基因。在有数据的情况下,用户还可以分析基因表达根据已发表的实验;研究DNA甲基化,为生物体如何调节基因表达提供线索;并研究相应的蛋白质。PhycoCosm与DOE系统生物学知识库(KBase)的内置连接也使研究人员能够研究代谢物如何流过藻类并在藻类中转化。

PhycoCosm加入由JGI的研究人员,包括综合微生物基因组和微生物组(IMG / M)制度微生物宏基因组和数据集,创造了其他在线数据门户网站和工具MycoCosm真菌基因组比较分析,Phytozome比较植物基因组。

Kuo和Grigoriev鼓励科学家们都使用PhycoCosm的数据存储库并为此做出贡献。对于仍然需要对藻类进行测序的人,Grigoriev和Kuo建议他们通过JGI的社区科学计划申请。

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